카드나 가상계좌 계좌이체 모바일결제등 승인이 다 되고 나중에 특수한 금액만큼 취소를 할때는 어떻게 해야되나요?

문제는 배송비때문에 발생하는데요
결제시 산정된 금액과 몇일후 물건이 완료된 다음 배송비가 달라질경우
예를 들어
최종배송비가 덜 나온경우, 고객에게 차액만큼 돌려줘야되고
최종배송비가 더 나온경우, 고객에게 차액만큼 요구해야되거든요
문제는 세금계산서 처리나 이런거때문에 어떻게 처리해야되는지 몰라서요
그 차액이 2000원이라고 하면
1. 돌려줘야될 경우
고객에게 차액만큼 돌려줄경우 카드는 2000원을 부분취소하면 다 알아서 되는건가요?
가상계좌나 계좌이체일때는 어떻게 하죠? 가상계좌일때도 부분취소를 하는건가요?
모바일결제 였을때는 어떻게 하죠? 이때도 부분취소라는게 있나요?

2. 더 받아야되는 경우
어떻게 해야하는건지요? 세금신고관련해서 문제생길까봐 그러거든요.

돈처리는 처음이라 잘 알려주시면 감사하겠습니다.