토스페이먼츠Xpay 서비스 RootCA 인증서 변경 문의

해당 내용 메일로 받아서 진행할려고 하는데,
리눅스 서버에서 자바로 프로젝트 구성이되어서 사용중인데, 자바와 리눅스를 두개다 변경을 해야하는 부분일까요?
자바만 변경을 해도 적용이 되는 부부일까요?

그리고 mail쪽 conf에서 따로 경로도 지정되어 있진 않습니다.